TensorFlow医学图像分割入门案例精讲

在之前的文章中我分享了Tensorflow的基本知识内容,接下来我将会分享如何利用Tensorflow将深度学习应用到医学图像上,今天我会分享深度学习在医学图像分割的实际案例。



1、Unet模型

在医学图像处理领域,有一种应用很广泛的全卷积神经网络模型结构——Unet,网络模型结构如下。关于该网络具体的细节,请阅读相关资料:https://lmb.informatik.uni-freiburg.de/people/ronneber/u-net/,这里我就不多说了。

Tensorflow入门教程(十三)——医学图像分割案例_数据

2、问题分析

我采用的是网上公开的细胞图像病理数据,数据地址:https://warwick.ac.uk/fac/sci/dcs/research/tia/glascontest/download/。



3、网络实现

我是参考了网上Tensorflow版本的Unet来实现分割模型,地址:https://github.com/jakeret/tf_unet。



4、效果

由于数据集很小只有165组图像,所以数据增强是必须的图像预处理步骤。下面是模型训练时损失函数变化的情况。

Tensorflow入门教程(十三)——医学图像分割案例_tensorflow_02

在测试图像上,我用训练好的模型来进行分割,整个测试集上的平均精度为90.75%。为了更主观的查看模型的效果,我给出了2组图像(原始细胞图像和原始细胞分割图像)并用模型分割后的对比效果图。

测试的原始细胞图像A

Tensorflow入门教程(十三)——医学图像分割案例_tensorflow_03

测试的原始细胞分割图像A

Tensorflow入门教程(十三)——医学图像分割案例_tensorflow_04

模型的分割图像A

Tensorflow入门教程(十三)——医学图像分割案例_深度学习_05

测试的原始细胞图像B

Tensorflow入门教程(十三)——医学图像分割案例_tensorflow_06

测试的原始细胞分割图像B

Tensorflow入门教程(十三)——医学图像分割案例_深度学习_07

模型的分割图像B

Tensorflow入门教程(十三)——医学图像分割案例_数据_08


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