内容摘自北鲲云五月份直播内容【声子谱的计算、后处理与分析实例】 另有文章【不同压强下ZnO的声子谱计算及其收敛性测试】可在发布的内容中查阅。
所有计算皆在北鲲云超算平台上完成。
计算声子谱所需软件:
1 VASP(Vienna Ab-initio Simulation Package)
结构计算与声子谱基本计算
2 phonopy 声子谱的计算与后处理
3 vaspkit 各种后处理
4 Origin,python,matlab 等画图软件
选取标准原胞计算
意义:不容易出错且节省计算时间吗,结果比较漂亮
方法:
1 vaspkit-6-602
2 phonopy --symmetry
高精度结构优化
扩胞
原因:VASP直接计算的是Gamma点的声子情况。
如何扩胞:Phonopy –d –dim=“x x x” –c POSCAR-unitc
扩多大:网传10A原则
有限差分法/有限位移法/密度泛函微扰理论
后处理:绘制声子谱图
提取力常数:
命令:phonopy --fc vasprun.xml
调整控制文件
name.conf M_NAME = l Cr DIM = 2 2 1 BAND = 0.500 0.000 -0.333 0.000 0.000 0.000 0.000 0.667 0.000 FORCE_CONSTANTS = READ BAND_POINTS = 51 #BAND_LABELS = X $\Gamma$ L #DOS = .TRUE. #PDOS = 1 2, 3 4 5 6 or Auto
计算数据: phonopy --dim="2 2 1" -c POSCAR-unit -p name.conf
导出数据 :phonopy-bandplot --gnuplot >1.dat
或者直接出图: phonopy --dim=“2 2 1” -c POSCAR-unit -p name.conf -s
后处理:虚频及软膜处理方法
利用phonopy产生不同k点的振动情况动画。
在北鲲云超算平台上开启VASP
可选择的作业提交方式:模板提交/命令行提交
模板提交的方式非常简单:打开软件—选择可视化模板提交—点击输入文件列表上传文件,必须至少包含INCAR—选择硬件配置(节点数量和内存配比)—查看作业内容汇总
命令行提交:
需要通过SSH链接创建并连接管理节点
具体的命令行可以在帮助手册中查询,这里平台使用的是Slurm作业管理系统及Linux传输。
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