云上计算化学:声子谱计算的新途径

内容摘自北鲲云五月份直播内容【声子谱的计算、后处理与分析实例】 另有文章【不同压强下ZnO的声子谱计算及其收敛性测试】可在发布的内容中查阅。

所有计算皆在北鲲云超算平台上完成。



计算声子谱所需软件:

1 VASP(Vienna Ab-initio Simulation Package)

结构计算与声子谱基本计算

2 phonopy 声子谱的计算与后处理

3 vaspkit 各种后处理

4 Origin,python,matlab 等画图软件



选取标准原胞计算

意义:不容易出错且节省计算时间吗,结果比较漂亮

方法:

1 vaspkit-6-602

2 phonopy   --symmetry

计算化学:如何在云平台上计算声子谱的图1


高精度结构优化

计算化学:如何在云平台上计算声子谱的图2


扩胞

原因:VASP直接计算的是Gamma点的声子情况。

如何扩胞:Phonopy –d –dim=“x x x” –c POSCAR-unitc

扩多大:网传10A原则

有限差分法/有限位移法/密度泛函微扰理论  

计算化学:如何在云平台上计算声子谱的图3


后处理:绘制声子谱图

提取力常数:

命令:phonopy --fc vasprun.xml

调整控制文件

name.conf M_NAME = l Cr DIM = 2  2  1 BAND = 0.500 0.000 -0.333 0.000 0.000 0.000 0.000 0.667 0.000  FORCE_CONSTANTS = READ BAND_POINTS = 51 #BAND_LABELS = X $\Gamma$ L #DOS = .TRUE.  #PDOS = 1 2, 3 4 5 6 or Auto

计算数据: phonopy --dim="2 2 1" -c POSCAR-unit -p name.conf

导出数据 :phonopy-bandplot --gnuplot >1.dat

或者直接出图: phonopy --dim=“2 2 1” -c POSCAR-unit -p name.conf -s

后处理:虚频及软膜处理方法

利用phonopy产生不同k点的振动情况动画。

在北鲲云超算平台上开启VASP

可选择的作业提交方式:模板提交/命令行提交

模板提交的方式非常简单:打开软件—选择可视化模板提交—点击输入文件列表上传文件,必须至少包含INCAR—选择硬件配置(节点数量和内存配比)—查看作业内容汇总

命令行提交:

需要通过SSH链接创建并连接管理节点

具体的命令行可以在帮助手册中查询,这里平台使用的是Slurm作业管理系统及Linux传输。

免责声明:本文系网络转载或改编,未找到原创作者,版权归原作者所有。如涉及版权,请联系删

QR Code
微信扫一扫,欢迎咨询~

联系我们
武汉格发信息技术有限公司
湖北省武汉市经开区科技园西路6号103孵化器
电话:155-2731-8020 座机:027-59821821
邮件:tanzw@gofarlic.com
Copyright © 2023 Gofarsoft Co.,Ltd. 保留所有权利
遇到许可问题?该如何解决!?
评估许可证实际采购量? 
不清楚软件许可证使用数据? 
收到软件厂商律师函!?  
想要少购买点许可证,节省费用? 
收到软件厂商侵权通告!?  
有正版license,但许可证不够用,需要新购? 
联系方式 155-2731-8020
预留信息,一起解决您的问题
* 姓名:
* 手机:

* 公司名称:

姓名不为空

手机不正确

公司不为空