GROMACS专业软件解析

GROMACS介绍

GROMACS是一个用于分子动力学模拟和能量最小化的计算引擎。

科技的发展已然遍布世界，对于事物的探讨尤其是对微观动力学现象的研究越来越依赖于计算机。由此，模拟技术与实验、理论三者的结合是现在以及未来被认可和推广的研究手段。分子动力学模拟不仅可以解释实验现象，验证理论结果，而且还发挥着预见性作用。其在生物、医药、材料、化学等学科领域均有广泛应用。

在分子动力学的模拟研究中，一款开源、自由、免费的软件GROMACS得到了广泛的应用。它可以用于几百万个粒子体系的分子动力学模拟研究，特别是生物体系，比如磷脂双分子层生物膜、蛋白质、药物分子等。另外，GROMACS能够非常快速地计算非键作用，因此也可用于非生物体系，如聚合物、一些有机物、无机物等。GROMACS有很多功能和优点，因此被研究者广泛学习和应用。

GROMACS的功能与优点

1）开源、自由、免费使用。

2）网上资料丰富，包括从软件的下载，安装到使用。

3） 立场较全面，适用性广，可操作性强。比如针对生物体系中的磷脂分子，氨基酸，离子，水等均有相应的立场。此外根据实验结果，也可以添加相应分子的立场参数。

4） 操作简便，大大降低了模拟的难度。比如GROMACS无需脚本文件，有很多命令和输入文件，只需要设置相应的参数，即可通过简单的命令行来实现，不需要花心思编程或使用一些分析软件进行分析的难题。当出现错误时，会提示错误信息，且网站上有相关的解决办法。

5）可以计算较大体系，并且运行速度快，计算时间灵活自由。GROMACS用标准MPI进行并行计算和分析，计算速度快，体系可以达到数百万粒子。GROMACS还可以选择GPU加速处理，使运算速度更快。并且GROMACS的算法精妙，在结束计算之后还可以延长时间继续进行计算。

6）对输出文件采用了损耗压缩技术进行存储，便于文件的传输。

7）输入输出文件容易获得。比如磷脂双分子层膜，蛋白质的构型文件可以在网站上直接生成或者下载，蛋白质的拓扑文件可以直接通过GROMACS自动生成。参数设置的文件网站均有提供，只需改变参数即可。

8）随着不断的更新，GROMACS不断有新的版本出现，功能、算法、精度、计算速度均有所改善，但是输入文件和轨迹文件与硬件无关，所以可以被不同版本的GROMACS读取。
此外，GROMACS主页上有相关安装包的下载链接，有软件的相关说明文件，还可以在搜索栏搜索你想知道的，包括安装和使用过程中报错。

免责声明：本文系网络转载或改编，未找到原创作者，版权归原作者所有。如涉及版权，请联系删