数据准备
https://zhuanlan.zhihu.com/p/467150143
分析工具
CELLET
以GWAS 数据和cell-type expression specificity estimates（ES）数据为输入，可选择使用LDSC和MAGMA模型，得到细胞类型与疾病的关系。
https://github.com/perslab/CELLECT/wiki/CELLECT-MAGMA-Tutorial
https://github.com/perslab/CELLECT/wiki/CELLECT-LDSC-Tutorial
安装
https://github.com/perslab/CELLECT/tree/master
git clone --recurse-submodules https://github.com/perslab/CELLECT.git
conda install -c bioconda -c conda-forge snakemake">=5.27.4"
conda install -c conda-forge mamba
mamba create -c conda-forge -c bioconda -n snakemake snakemake
分析
CELLECT-LDSC
snakemake --use-conda -j -s cellect-ldsc.snakefile --configfile config.yml
CELLECT-MAGMA:
snakemake --use-conda -j 4 -s cellect-magma.snakefile --configfile config.yml
155-2731-8020